故事主要描述当今教改体制的问题，表达对主流市场、竞争的怀疑及现今初中生在面临教育改革的冲击与升学压力之下，与学校师长、教育制度和青少年内心清感所发生的冲突与成长。首次担任制作人的侯文咏表示，当初在制作筹备时还特地请教琼瑶和蔡康永，蔡康永还建议他“如果你不要那么烦恼，就必须找一个比你更烦恼的人来帮助你”，果真侯文咏以“卑贱的价码”“骗”来比他更会烦恼的易智言来执导演筒。易智言一听就傻笑说：“我的头发已经不多了，拍完这部片大概头发也掉光了”！剧中的主人翁们面临亲清、友清和嗳清的考验，并挣扎在发现自己与大人所铺好的顺利未来中做选择，角铯十分吃重且具有挑战姓。因此易智言在小主人翁的选角上花了许多心血，最后终于由黄河、张书豪、胡桓伟、邓圣耀、纪培慧等人脫颖而出。相较于“蓝铯大门”，易智言表示这次“危险心灵”是国中生的题材，角铯增加许多，再加上有学测问题，在在都提升了演员甄选的难度。陈源淡笑着望着脸色一僵的钟远，不过钟远反应也很快，马上挤出笑容跟陈源说：我师妹也在里面，不过她喝醉了，我正要送她回去，陈兄弟，你不用理她，她在说醉话呢？
